Blender byl původně vyvíjen jako modelovací nástroj pro vlastní potřebu animačního studia NeoGeo. S jeho vývojem začal Ton Roosendaal, aby mohl vytvářet grafiku pro 3D animace v profesionální kvalitě. V roce 1996 se objevila první veze Blenderu. Postupem času se z něho stal modelovací nástroj schopný svými vlastnosti konkurovat komerčním produktům, jako např. 3D Studio, ale za podstatně nižší cenu.
V roce 1998 se poprvé objevil Blender na webu, a to ve verzi 1.23 pro SGI s podporou knohovny IrixGL. V první polovině stejného roku byla provedena portace na FreeBSD a Linux. To si vyžádlo změnu GL knihoven na OpenGL a také podporu X windows. V červnu roku 1998 byla založena společnost NaN, která se nadále zabývala vývojem a distribucí Blenderu. V září 1998 se rozšířila rodina portů na systémy Sun a Linux Alpha společně s verzí 1.4. V závěru stejného roku se objevil první manuál pro Blender verze 1.5.
Jistým přelomem ve vývoji Blenderu duben roku 1999, kdy byla vyvinuta verze 1.6 s portací na Windows. Jistým stínem na používání Blenderu je existence tzv. C-key, který umožňoval používání pokročilých a hlavně nově doplněných funkcí. Tento klíč bylo možné zakoupit za cenu 95 USD. V polovině roku 1999 je uvolněna verze 1.6x v portacích na BeOS a PPC. Dalším přelomem v distribuci Blenderu je verze 1.8, která byla uvolněna k používání v červnu 2000. Od této verze je Blender opět freeware - je zrušena existen C-key.
V srpnu téhož roku se objevuje verze 2.0, která rozšiřuje schopnosti Blenderu o interaktivní 3D a real-time engine, takže je v něm možné vyvíjet interaktivní hry. Konec roku 2000 přináší verzi 2.1 s úplnou přestavbou herního jádra, fyziky a programování v Pythonu. Ve verzi 2.20 z dubna 2001 se opprvé v blenderu objevuje Character animation system, tedy lépe propracované řešení pro ovládání animace postav.
Dalším významným mezníkem v produktové řadě Blenderu je říjen 2001. V tomto měsíci se poprvé objevuje Blender Publisher, který je licencován jiným způsobem a je plně komerční (tj. za peníze). Stávající freewarový Blender je přejmenován na Blender Creator a je vyvíjen paralelně s Publisherem. V prosinci roku 2002 je na trh uvedena portace pro MacOS X. V lednu 2002 se objevila naprostá bomba - Blender pro iPAQ. Je to sice veze 2.04, ale nosit oblíbeného Blendera v kapse, to je opravdu síla :)).